Wniosek o wydanie zgody na zamknięte użycie GMM

WNIOSEK O WYDANIE ZGODY NA ZAMKNIĘTE UŻYCIE MIKROORGANIZMÓW GENETYCZNIE ZMODYFIKOWANYCH (GMM) ZALICZONYCH DO III i IV KATEGORII*)

Nr wniosku**)

1. Informacje o wnioskodawcy planowanego zamkniętego użycia GMM

1.1 Jan Kowalski oraz ul. Kwiatowa 12, 00-001 Warszawa albo BioTech Sp. z o.o. oraz ul. Słoneczna 2, 30-002 Kraków , a w przypadku gdy wnioskodawcą jest osoba fizyczna prowadząca działalność gospodarczą, zamiast ul. Kwiatowa 12, 00-001 Warszawa tej osoby – ul. Polna 3, 01-003 Warszawa , jeżeli są inne niż ul. Kwiatowa 12, 00-001 Warszawa tej osoby

1.2 Anna Nowak, Piotr Wiśniewski osób, które będą kierować zamkniętym użyciem GMM

1.3 Kwalifikacje zawodowe osób, które będą kierować zamkniętym użyciem GMM - doktorat z biologii molekularnej, 5 lat doświadczenia w pracy z GMM

2. Informacje o komisjach do spraw bezpieczeństwa biologicznego oraz o osobie odpowiedzialnej za bezpieczeństwo zamkniętego użycia GMM

2.1 Informacje o komisjach do spraw bezpieczeństwa biologicznego, które mogą zostać powołane - Komisja Bioetyki Uniwersytetu Warszawskiego

2.2 Maria Zielińska osoby odpowiedzialnej za bezpieczeństwo zamkniętego użycia GMM

2.3 Kwalifikacje zawodowe osoby odpowiedzialnej za bezpieczeństwo zamkniętego użycia GMM - magister biotechnologii, 10 lat doświadczenia w laboratorium BSL-3

*) Niepotrzebne skreślić.

**) Wypełnia urząd.

3. Opis planowanych prac z wykorzystaniem GMM

3.1 Cel prac zamkniętego użycia GMM

3.1.1 temat - Badanie wpływu modyfikacji genetycznej na wirulencję bakterii E. coli

3.1.2 krótki opis prac (maksymalnie 10 zdań) - Celem projektu jest zbadanie wpływu delecji genu X na wirulencję szczepu E. coli K12. Modyfikacja zostanie wprowadzona za pomocą wektora plazmidowego. Badania będą prowadzone w warunkach laboratoryjnych, w zamkniętym systemie. Planowane są testy in vitro z wykorzystaniem hodowli komórkowych. Wyniki badań pozwolą na lepsze zrozumienie mechanizmów wirulencji bakterii i mogą przyczynić się do opracowania nowych strategii walki z infekcjami bakteryjnymi. Projekt będzie realizowany przez 6 miesięcy. W badaniach będą wykorzystywane standardowe techniki biologii molekularnej. Wszystkie procedury będą zgodne z obowiązującymi przepisami bezpieczeństwa. Wyniki badań zostaną opublikowane w czasopiśmie naukowym.

4. Charakterystyka typu GMM

A. CHARAKTERYSTYKA BIORCY

4.1 Nazwa taksonomiczna (łacińska i polska – jeżeli istnieje) - Escherichia coli (pałeczka okrężnicy)

4.2 Inne nazwy (w szczególności nazwa: rodzaju, szczepu, linii) - K12

4.3 Cechy fenotypowe i genetyczne - Gram-ujemna bakteria, beztlenowa względnie, fermentująca laktozę

4.4 Stabilność genetyczna i fenotypowa - Wysoka

4.5 Opis technik identyfikacji i detekcji: ich czułość, wiarygodność i specyficzność (maksymalnie 10 zdań) - Identyfikacja będzie oparta na PCR w czasie rzeczywistym z wykorzystaniem starterów specyficznych dla genu X. Dodatkowo zostanie przeprowadzona analiza sekwencji DNA. Metody te charakteryzują się wysoką czułością i specyficznością. Detekcja będzie prowadzona z wykorzystaniem płytek agarowych z dodatkiem X-gal. Kolonie bakterii będą identyfikowane na podstawie niebieskiego zabarwienia. Metoda ta jest wiarygodna i pozwala na szybkie wykrycie zmodyfikowanych bakterii. Dodatkowo, będzie monitorowany wzrost bakterii w pożywce selektywnej. Wyniki będą analizowane statystycznie.

4.6 Opis wcześniejszych modyfikacji genetycznych - Brak

4.7 Klasyfikacja zagrożenia stosownie do istniejących norm dotyczących ochrony zdrowia ludzi lub ochrony środowiska

4.7.1 szczep stosowany w produkcji przemysłowej lub w badaniach naukowych - szczep laboratoryjny

4.7.2 kategoria zagrożenia - 1

4.8 Patogenność

4.8.1 patogenność, infekcyjność, toksyczność, alergenność, wektory patogenności, możliwe wektory, wpływ na organizmy nieobjęte celowym oddziaływaniem GMM, możliwość aktywacji wirusów utajonych (prowirusów), zdolność do kolonizacji innych organizmów - Niska patogenność dla zdrowych ludzi. Możliwe infekcje układu moczowego.

4.8.2 wykonywane lub możliwe testy oznaczania stopnia patogenności - Testy in vitro na hodowlach komórkowych.

4.9 Oporność na antybiotyki i możliwość wykorzystania tych antybiotyków w leczeniu ludzi i zwierząt oraz w profilaktyce - Oporność na ampicylinę. Ampicylina jest stosowana w leczeniu ludzi i zwierząt.

4.10 Charakterystyka wewnętrznych (natywnych) wektorów

4.10.1 sekwencja (odnośnik do pozycji bibliograficznej zawierającej opis sekwencji, jeżeli jest dostępny) - Brak

4.10.2 częstość uruchamiania wektora - Nie dotyczy

4.10.3 swoistość - Nie dotyczy

4.10.4 obecność genów oporności - Nie dotyczy

4.11 Opis naturalnego środowiska organizmu - Jelita zwierząt stałocieplnych

4.12 Informacja o sposobie rozmnażania i ewentualnym cyklu infekcyjnym - Rozmnażanie przez podział binarny.

4.13 Informacje dotyczące zdolności do samodzielnego utrzymania się w środowisku - Zdolna do samodzielnego utrzymania się w środowisku.

4.14 Możliwość przenoszenia materiału genetycznego, w szczególności przez koniugację, krzyżowanie, rozsiewanie - Możliwe przenoszenie materiału genetycznego przez koniugację.

B. CHARAKTERYSTYKA DAWCY

4.15 Nazwa taksonomiczna (łacińska i polska – jeżeli istnieje) - Escherichia coli (pałeczka okrężnicy)

4.16 Inne nazwy (w szczególności nazwa: rodzaju, szczepu, linii) - DH5α

4.17 Stopień pokrewieństwa pomiędzy dawcą i biorcą - Wysoki

4.18 Patogenność

4.18.1 patogenność, infekcyjność, toksyczność, alergenność, wektory patogenów, inne wektory, wpływ na organizmy nieobjęte celowym oddziaływaniem GMM, możliwość aktywacji wirusów utajonych (prowirusów), zdolność do kolonizacji innych organizmów - Niska patogenność.

4.18.2 wykonywane lub możliwe testy oznaczania stopnia patogenności - Brak

4.19 Oporność na antybiotyki i możliwość wykorzystania tych antybiotyków w leczeniu ludzi i zwierząt oraz w profilaktyce - Brak

4.20 Opis naturalnego środowiska organizmu - Szczep laboratoryjny

4.21 Informacja o sposobie rozmnażania i ewentualnym cyklu infekcyjnym - Rozmnażanie przez podział binarny.

4.22 Informacje dotyczące zdolności do samodzielnego utrzymania się w środowisku - Niska zdolność do przetrwania w środowisku naturalnym.

4.23 Możliwość przenoszenia materiału genetycznego, w szczególności przez koniugację, krzyżowanie, rozsiewanie - Możliwa koniugacja.

4.24 Pochodzenie subkomórkowe rekombinowanego DNA i sposób jego otrzymania - Plazmidowy DNA, otrzymany metodą PCR.

4.25 Włączane sekwencje nukleotydowe (insert)

4.25.1 sekwencje kodujące, markery fenotypowe, rodzaj i właściwości produktów - Gen X

4.25.2 sekwencje niekodujące i sekwencyjne sygnały regulacyjne, ich rodzaj, funkcje i specyficzność, szczególnie wpływ na ekspresję i mobilizację - Promotor genu X

4.25.3 informacja na temat, do jakiego stopnia insert jest ograniczony do żądanej funkcji - Insert jest ograniczony do żądanej funkcji.

4.26 Kategoria zagrożenia - 1

C. CHARAKTERYSTYKA WEKTORA

4.28 Nazwa i szczegółowy opis - pBR322

4.28.1 odnośnik do pozycji bibliograficznej zawierającej opis konstrukcji wektora (jeżeli jest dostępny) - Bolivar et al. (1977) Gene 2, 95-113

4.28.2 jeżeli użyty wektor nie jest opisany lub jest zmodyfikowany w stosunku do konstruktu wyjściowego – wektor należy opisać szczegółowo, w tym wszystkie jego modyfikacje i ich przewidywane skutki - Brak modyfikacji

4.29 Fenotyp (w tym oporność na antybiotyki) - Oporność na ampicylinę i tetracyklinę.

4.30 Częstość mobilizacji wbudowanego wektora lub zdolność jego przenoszenia i metody ich badania - Niska częstotliwość mobilizacji.

4.31 Informacje o tym, w jakim stopniu wektor jest ograniczony do DNA wymaganego do spełnienia planowanych funkcji i jaka część wektora pozostaje w GMM - Wektor jest ograniczony do DNA wymaganego do spełnienia planowanych funkcji.

4.32 Kategoria zagrożenia - 1

D. CECHY IDENTYFIKUJĄCE GMM

4.34 Nazwa taksonomiczna mikroorganizmu genetycznie zmodyfikowanego (łacińska i polska – jeżeli istnieje) - Escherichia coli (pałeczka okrężnicy) zmodyfikowana

4.35 Informacje związane z modyfikacjami genetycznymi

4.35.1 metody używane do modyfikacji genetycznej (konstrukcja i wprowadzenie insertu lub insertów do biorcy lub usunięcie sekwencji) - Transformacja plazmidowa

4.35.2 lokalizacja wewnątrzkomórkowa zmienionej (wstawionej lub usuniętej) części kwasu nukleinowego, ze szczególnym odniesieniem do jakiejkolwiek znanej szkodliwej sekwencji - Plazmid

4.35.3 wielkość usuniętego fragmentu i jego funkcje - Brak usuniętego fragmentu

4.36 Informacje o uzyskanym GMM

4.36.1 źródło i funkcje kwasu nukleinowego wykorzystywanego do modyfikacji genetycznej - Gen X z Escherichia coli DH5α

4.36.2 opis zmienionych cech genetycznych i fenotypowych GMM - Delecja genu X

4.36.3 struktura i liczba kopii każdego wektora lub dodanego kwasu nukleinowego w GMM - Jedna kopia plazmidu pBR322

4.36.4 stabilność genetyczna i fenotypowa - Wysoka

4.36.5 charakterystyka i poziom ekspresji nowego materiału genetycznego, metody i czułość pomiaru - Ekspresja genu X, mierzona za pomocą PCR w czasie rzeczywistym

4.36.6 funkcje nowego białka - Brak nowego białka

4.36.7 techniki identyfikacji i detekcji wprowadzonej sekwencji, wektorów i białka będącego produktem wprowadzonego genu, ich czułość, swoistość i wiarygodność - PCR w czasie rzeczywistym, wysoka czułość i swoistość

4.36.8 zmiany zdolności rozmnażania, rozsiewania i przetrwania GMM w porównaniu do organizmu biorcy - Brak zmian

4.36.9 przewaga selekcyjna w przypadku niekontrolowanego uwolnienia do środowiska - Brak przewagi selekcyjnej

4.37 Wcześniejsze zamknięte użycie GMM

4.37.1 2022-01-01 i skala operacji (dane o objętości wykorzystywanych kultur GMM, 2022-01-01 rozpoczęcia i 2022-06-30 prowadzenia zamkniętego użycia GMM) - 10 ml

4.37.2 negatywne skutki dla zdrowia człowieka lub dla środowiska - Brak

4.38 Aspekty zdrowotne

4.38.1 właściwości toksyczne lub alergiczne GMM lub produktów ich metabolizmu - Brak

4.38.2 produkty stwarzające zagrożenie - Brak

4.38.3 porównanie GMM z dawcą, biorcą lub organizmem rodzicielskim (jeżeli występuje), w odniesieniu do patogenności - Podobna patogenność

4.38.4 zdolność do kolonizacji - Niska

4.38.5 wywołane dolegliwości i mechanizm patogenności, włączając inwazyjność i zjadliwość - Brak

4.38.6 zakaźność - Niska

4.38.7 dawka infekcyjna - Wysoka

4.38.8 zakres gospodarzy i możliwość ich zmiany - Zwierzęta stałocieplne

4.38.9 możliwość przeżycia poza organizmem gospodarza - Niska

4.38.10 oporność na antybiotyki (antybiogram) - Ampicylina

4.38.11 możliwość leczenia - Tak

4.39 Typ działania

4.39.1 badania naukowe (podstawowe, stosowane, przemysłowe) lub prace rozwojowe (opis – maksymalnie 10 zdań) - Badania podstawowe nad mechanizmami wirulencji bakterii. Projekt ma na celu zrozumienie roli genu X w procesie infekcji. Badania będą prowadzone w warunkach laboratoryjnych. Wyniki badań mogą przyczynić się do opracowania nowych metod leczenia infekcji bakteryjnych. Projekt jest finansowany z grantu naukowego. Badania będą prowadzone przez zespół doświadczonych naukowców. Planowane są publikacje w renomowanych czasopismach naukowych. Projekt będzie realizowany przez 2 lata. W badaniach będą wykorzystywane nowoczesne techniki biologii molekularnej.

4.39.2 produkcja (opis – maksymalnie 10 zdań) - Nie dotyczy

4.40 Rozmiar działania

4.40.1 dane o objętości kultur GMM wykorzystywanych podczas zamkniętego użycia GMM - 100 ml

4.40.2 2024-01-01 prowadzenia działania - 6 miesięcy

4.41 Prawdopodobieństwo powstawania aerozoli lub skażonych ścieków - Niskie

5. Informacje o wprowadzonych środkach bezpieczeństwa, które będą stosowane podczas zamkniętego użycia GMM - Praca w komorze laminarnej, stosowanie środków ochrony osobistej.

6. Określenie rodzajów środków, które należy podjąć w przypadku awarii - Dezynfekcja pomieszczenia, zgłoszenie awarii do odpowiednich służb.

7. Informacje o rodzaju i postaci odpadów powstających podczas zamkniętego użycia GMM oraz o sposobie postępowania z tymi odpadami, w tym ul. Spalarnia 1, 00-004 Warszawa ich przeznaczenia - Odpadypłynne, autoklawowane, przekazane do utylizacji.

8. Opis pomieszczeń zakładu inżynierii genetycznej, w tym urządzeń, które będą wykorzystywane podczas zamkniętego użycia GMM

8.1 Pomieszczenia (z numerami) - Laboratorium BSL-2 (pokój 123)

8.2 Urządzenia - Komora laminarna, termocykler, autoklaw.

9. 2020-01-15 wydania zezwolenia na prowadzenie zakładu inżynierii genetycznej, w którym ma być prowadzone zamknięte użycie GMM

........................................... (podpis wnioskodawcy)

2023-10-27

Załącznik do wniosku:

1) ocena zagrożenia,

2) kopie wewnętrznych regulaminów bezpieczeństwa dla osób biorących udział w zamkniętym użyciu GMM, ze szczególnym uwzględnieniem środków bezpieczeństwa, które powinny być zastosowane w przypadku awari,

3) kopie oświadczeń osób biorących udział w zamkniętym użyciu GMM o zapoznaniu się z treścią regulaminów bezpieczeństwa, o których mowa w pkt,

4) szczegółowe informacje o sposobach przeciwdziałania skutkom awarii, w tym o środkach alarmowyc,

5) plan postępowania na wypadek awarii.